
A la largo de la Guerra Civil Española, Juan de Borbón intercambió algunas cartas con el general Franco. La primera de ellas hacía precisamente referencia a su intento de unirse a los generales del bando golpista y decía así:
7 de diciembre de 1936.Excmo. Sr. General Don Francisco Franco. Mi respetado general:
En forma tal vez impremeditada, cuando la guerra de España tenía sólo el carácter de una lucha interna, he intentado tomar parte en ella. Aunque me impulsaban sentimientos bien ajenos a la política, comprendo y respeto las razones que entonces movieron a las autoridades a impedir mi incorporación a las tropas. […] Le ruego en todo caso disculpe el que confíe a su corazón de soldado este anhelo mío de servir a España al lado de mis compañeros. Con mis votos más fervientes por que Dios le ayude en la noble empresa de salvar a España, le ruego acepte el testimonio del respeto con que se reitera a sus órdenes y muy afectuosamente e.s.m. Juan de Borbón.
A primeros de abril de 1939, tras entrar en Madrid los vencedores de la contienda, Juan de Borbón escribe a Franco:
Uno mi voz nuevamente a la de tantos españoles para felicitar entusiasta y emocionadamente a V. E. por la liberación de la capital de España. La sangre generosa derramada por su mejor juventud será prenda segura del glorioso porvenir de España, Una, Grande y Libre. ¡Arriba España! Juan de Borbón.